در روز ۱۷ مهرماه ۱۳۷۶ (۹ اکتبر ۱۹۹۷) ـ یک روز پس از انتشار این لیست ـ یک مقام بالای دولت کلینتون گفت:
«گنجاندن نام مجاهدین خلق در این لیست به عنوان یک علامت حسن نیت به تهران و محمد خاتمی، رئیس‌جمهور میانه‌رو آن، که به‌تازگی انتخاب شده، صورت گرفته‌است».
در این باره مارتین ایندیک در سپتامبر ۲۰۰۲ مدیرکل وقت وزارت‌خارجه آمریکا به مجله نیوزویک گفت:
«... علاقه‌ای در کاخ سفید وجود داشت که باب گفتگو با دولت ایران باز شود. یکی از راه‌هایی که مقامات ارشد دولتی پیش روی خود یافتند، سرکوب مجاهدین بود. سازمانی که ایران بوضوح آن را به‌عنوان یک تهدید برای خود می‌پنداشت… نام‌گذاری تروریستی مجاهدین بخشی از سیاست نزدیکی کلینتون با تهران بود»
به دنبال نام‌گذاری مجاهدین در لیست تروریستی، اتحادیه اروپا هم سازمان مجاهدین خلق ایران را در سال ۲۰۰۲ در لیست گروه‌های تروریستی قرار داد.
سازمان مجاهدین خلق ایران نسبت به این نام‌گذاری بارها و بارها اعتراض کرد، و یک کارزار گسترده حقوقی به راه انداخت تا این که بتواند از لیست تروریستی خارج شود، مجاهدین دعوای حقوقی خودشان را ابتدا از اروپا آغاز کردند.
روز ۴ تیر ۱۳۸۷ (۲۴ ژوئن ۲۰۰۸) پارلمان بریتانیا پس از صدور رأی یک دادگاه در این کشور، سازمان مجاهدین خلق ایران را از فهرست گروه‌های تروریستی حذف کرد.
به دنبال آن و پس از رأی دادگاه‌های اروپایی در روز ۷ بهمن ۱۳۸۷، (۲۶ ژانویه ۲۰۰۹) اعضای اتحادیه اروپا در نشست خود در بروکسل به حذف نام سازمان مجاهدین خلق ایران از فهرست گروه‌های تروریستی رأی مثبت دادند.
خاویر سولانا نماینده عالی سابق سیاست امنیتی و خارجی مشترک اتحادیه اروپا در این باره گفت :
سرانجام روز ۷ مهر ۱۳۹۱برابر با ۲۸ سپتامبر ۲۰۱۲هیلاری کلینتون، وزیرخارجه وقت آمریکا، با گردن نهادن به حکم دادگاه استیناف آمریکا نام سازمان مجاهدین خلق ایران، شورای ملی مقاومت و ارتش آزادیبخش ملی ایران را از لیست تروریستی وزارت خارجه آمریکا حذف کرد.
وزارت خارجه آمریکا بیانیه‌ای در روز ۲۸ سپتامبر ۲۰۱۲ در این خصوص صادر کرد.
